Su enclave es extremadamente singular debido a que se encuentra cubierto por la enorme roca que le da nombre.
Fue el monasterio más importante de Aragón en la alta Edad Media y forma parte del camino aragonés del Camino de Santiago.
En su Panteón Real fueron enterrados un buen número de reyes de Aragón.
En su interior destacan la iglesia románica y el claustro, que se ha convertido en el elemento más significativo y estudiado del conjunto monacal. Fue construido a finales del siglo XII y principios del XIII. Se compone de arquería de medio punto dispuesta sobre un podio. Los arcos se rodean por una moldura ajedrezada, simbolo del Camino de Santiago, y descansan en columnitas con capiteles decorados.
Según cuenta la leyenda, el origen del monasterio se debe a un joven noble que se encontraba de caza por estos parajes cuando avistó un ciervo. El cazador corrió tras la presa que se despeñó por el precipicio. Milagrosamente su caballo se posó en tierra suavemente. Sano y salvo en el fondo del barranco, vio una pequeña cueva en la que descubrió una ermita dedicada a San Juan Bautista y, en el interior, halló el cadáver de un ermitaño llamado Juan de Atarés. Impresionado por el descubrimiento, fue a Zaragoza, vendió todos sus bienes y junto a su hermano Félix se retiró a la cueva, e iniciaron una vida eremítica.
Otra leyenda cuenta que en este monasterio se custodió el Santo Grial, que posteriormente se trasladó a la Catedral de Valencia.
Fuente: https://es.wikipedia.org/wiki/Monasterio_de_San_Juan_de_la_Pe%C3%B1a
Fuente 2: http://www.patrimonioculturaldearagon.es/bienes-culturales/monasterio-san-juan-de-la-pena